Sự phân lại các loài thủy sản được dựa theo đặc điểm cấu tạo loài tính ăn và môi trường sống và khí hậu.

• Nhóm cá (fish): Là những động vật nuôi có đặc điểm cá rõ rệt, chúng có thể là cá nước ngọt hay cá nước lợ. Ví dụ: cá tra, cá bống tượng, cá chình,…
• Nhóm giáp xác (crustaceans): Phổ biến nhất là nhóm giáp xác mười chân, trong đó tôm và cua là các đối tượng nuôi quan trọng. Ví dụ: Tôm càng xanh, tôm sú, tôm thẻ, tôm đất, cua biển.
• Nhóm động vật thân mềm (molluscs): Gồm các loài có vỏ vôi, nhiều nhất là nhóm hai mảnh vỏ và đa số sống ở biển (nghêu, sò huyết, hàu, ốc hương,....) và một số ít sống ở nước ngọt (trai, trai ngọc).
• Nhóm rong (Seaweeds): Là các loài thực vật bậc thấp, đơn bào, đa bào, có loài có kích thước nhỏ, nhưng cũng có loài có kích thước lớn như Chlorella, Spirulina, Chaetoceros,Sargassium (Alginate), Gracillaria…
• Nhóm bò sát (Reptilies) và lưỡng cư (Amphibians): Bò sát là các động vật bốn chân có màng ối(ví dụ: cá sấu) Lưỡng cư là những loài có thể sống cả trên cạn lẫn dưới nước (ví dụ: ếch, rắn…) được nuôi để lấy thịt, lấy da dùng làm thực phẩm hoặc dùng trong mỹ nghệ như đồi mồi (lấy vây), ếch (lấy da và thịt), cá sấu (lấy da).